簡単なことですが。
以下の作業ではhtpasswdファイルのパスを仮に、/hoge/fuga/.htpasswdとします。

１．htpasswdファイルを作る

htpasswdを使って認証情報ファイルを作成します。
sudo htpasswd -c /hoge/fuga/.htpasswd username

２．confファイルを設定する

ディレクティブはどこでも大丈夫です。
以下のような設定を追加します。
auth_basic "認証時のメッセージ";
auth_basic_user_file /hoge/fuga/.htpasswd;

参考