Eclipse 4.3 Keplerでソフトウェアの更新で全選択をしたら、「eclipse.exeが削除できません。」とかいう趣旨のメッセージが。
そんなん当たり前やろ起動中だぞ、と思ってエラーメッセージで検索をかけてみると以下のサイトが。

Eclipse Kepler の更新に失敗した時の対処方法など - 量産メモ

なんちゅーバグを用意してくれたんだ・・・。

とりあえず記載の通り、起動中のeclipse.exeをeclipse.exe.backに名称変更し、更新に成功。

よかったよかった。