playは通常、app以下にあるファイルをコンパイルしに行きます。
しかし、git submoduleを利用した場合のように、どうしてもapp以下に設置してビルドしてもらうというわけには行かない場合があります。
このような場合には、project/Build.scalaを修正して、他のディレクトリのファイルもコンパイルしてもらえるようにしましょう。

Build.scalaについては、Play framework公式ドキュメントに一応の解説があります。

SBTSettings

この下の方のスクリプトを参考に、以下のような記述を追加します。

val main = PlayProject(appName, appVersion
        , appDependencies, mainLang = SCALA).settings(
    // Add your own project settings here      
    javaSource in Compile <<= baseDirectory / "ext_src"
)

このように設定すると、ext_src以下のソースファイルもまとめてコンパイルしてくれるようになります。
もちろん、eclipsifyすればビルドパスに加わって、サジェストもされるようになります。

追記

Build.scalaが存在しないPlay 2.2.x系での実装方法を以下の記事にまとめました。
→それはどういう意味でしょう: Play 2.2.x系でapp以下以外にソースを配置する